Desa Tratemulyo berdiri pada tahun 1925. Berdasarkan cerita para sesepuh desa, pada masa penjajahan sekitar tahun 1940 mulai dibentuk sistem kepemimpinan desa yang dipimpin oleh seorang kepala desa. Sejak saat itu, pemerintahan desa terus mengalami perkembangan hingga menjadi seperti sekarang.

Secara administratif, Desa Tratemulyo terbagi menjadi tiga wilayah pedukuhan, yaitu Dukuh Tiparsari, Dukuh Trate, dan Dukuh Trondol. Kepemimpinan Desa Tratemulyo telah berlangsung secara berkesinambungan, dimulai dari Muhadi sebagai kepala desa pertama yang menjabat pada periode 1942–1961 hingga kepala desa saat ini, Ari Sigit Cahyono yang menjabat pada periode 2020–2026.